La plus ancienne mention de la commune de Kanegem et de son église remonte à lan 967 : «in canigahem aecclesia cum mansi iij
». Cest au cours de cette année que les abbés de labbaye Saint-Bavon se virent restituer leur église et trois manses, biens qui au cours des incursions normandes furent administrés par le comte de Flandres. Léglise, bâtie sur le domaine de la future seigneurie Saint-Bavon, reçut le nom d église Saint-Bavon.
En 1121, les abbés de Saint-Bavon devinrent les patrons de léglise. Pour la période allant du VIIe siècle à lan 1600, il nexiste aucune information sur la première petite église. Diverses petites bâtisses se seraient vraisemblablement succédées.
La plus ancienne église connue a été érigée après 1620, en remplacement de léglise initiale détruite à la suite des guerres de religion.
Vers 1770, la population de Kanegem et le curé Goeminne intentaient à labbaye Saint-Bavon une longue série de procès dans le but dobtenir les fonds nécessaires à lextension de léglise.
Finalement, léglise se vit adjoindre deux fenêtres supplémentaire sur son flanc ouest ainsi quune nouvelle tour contre la façade occidentale. Cet édifice subsista jusquaux années 1900
En raison de problèmes financiers, léglise fut construite en deux étapes : la façade occidentale, le portail et la tour furent exécutés entre 1897 et 1899 et le transept entre 1908 et 1910.
La tour dune hauteur de 36 mètres et la façade occidentale en style Renaissance sont basées sur des esquisses de larchitecte brugeois Eugène Coopman, alors que la conception proprement dite est luvre de larchitecte Frans vanden Heuvel. Ce dernier dessina également les plans de la nef en style néo-baroque. Le résultat fut une église à transept comportant un chur circulaire, une nef centrale et deux nefs latérales, des croisillons et des piliers.
Outre le style darchitecture remarquable, léglise se distingue surtout par les statues des Saints sur le côté extérieur de lédifice.
Sur la tour, nous reconnaissons Saint-Bavon, Saint-Blaise, Saint-Éloi, et la Vierge avec lenfant. Sur léglise même figurent Saint-Jean, Saint-Joseph avec lenfant, Saint-Paul et Saint-Pierre. La façade de léglise comporte plusieurs stations de la procession de Saint-Blaise. Léglise fut consacrée par Monseigneur Lamiroy, évêque auxiliaire de Bruges, le 21 septembre 1931.
En raison de son style architectural, il donna à léglise le nom de «Cathédrale de la campagne», un nom encore utilisé de nos jours par de nombreux villageois.
Le Cardinal-Archevêque de Malines, Godfried Danneels, fut baptisé dans léglise Saint-Bavon le 5 juin 1933.