Depuis 1981, les mausolées bourguignons de Marie de Bourgogne (décédée à Bruges en 1942, à la suite dun accident de chasse) et Charles de Téméraire (mort en 1447 au champ de bataille de Nancy) ont retrouvé leur emplacement séculaire dans le chur des prêtres, datant du 13e siècle, de léglise Notre-Dame à Bruges.
Celui, de style gothique de Marie de Bourgogne, commandé en 1490, par son époux lArchiduc Maximilien dAutriche, fut achevé en 1502. Il est principalement luvre du modeleur Jan Borman et du dinandier Renier van Thienen. Le gisant en bronze doré repose sur un sarcophage en pierre bleue foncée. Il représente la duchesse, les mains jointes, couronnée et enveloppée dun large manteau avec à ses pieds, deux petits chiens, symbole de la fidélité. Sur les côtés du mausolée figurent lépitaphe, les armoires ducales et larbre généalogique de la défunte, avec les écussons (à gauche, les ancêtres du côté paternel, Charles le Téméraire ; à droite, ceux du côté maternel, Isabelle de Bourbon).
Le mausolée du duc, dapparence semblable à celui de sa fille, est de style Renaissance, il ne fut en effet, commandé quen 1558 par son arrière-arrière-petit-fils, le roi Philippe II, et fut achevé en 1562 pare le dinandier Jacob Jonghelinck, daprès un projet de Cornelius Floris. Le duc est représenté en harnais et porte la chaîne de lordre de la Toison dOr (dont le 11e chapitre fut tenu dans cette église sous sa présidence). Au pied de ce mausolée se trouve un lion, symbole du courage. Les côtés sont également richement ornés. Ils représentent lépitaphe, les armoiries et la généalogie du duc à gauche, celle du côté paternel, Philippe le Bon; à droite, celle du côté maternel, Isabelle de Portugal).
Les mausolées échappèrent de peu, en 1796, aux iconoclastes français.